La navata di sinistra termina con la Cappella dei Martiri, dove sono custoditi i resti dei Beati Martiri di Otranto,

decapitati durante l'eccidio del 1480

Nei pressi della Cappella si trova un organo settecentesco di legno, recentemente restaurato.

Scendendo le scale, si accede alla cripta,  dove si possono ammirare numerose colonne con

capitelli provenienti da luoghi diversi.